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12肽文库的构建与筛选

w66最给力的老牌生物(KMD Bioscience)提供的噬菌体展示平台是一种超高通量配体筛选平台。噬菌体展示平台最多可构建1013个/ml的多肽或抗体克隆在噬菌体上展示。基于噬菌体展示平台,可为客户构建7肽库、12肽库、环7肽库等。噬菌体展示肽库的成功筛选的关键在于靶标的性质、肽库的大小和信息以及肽库的质量。肽库的质量可以通过多样性来反映,多样性是利用统计方法来估计肽群体中氨基酸序列相对于肽拷贝数的保守性或变异性。

通过将相应的核苷酸序列插入编码蛋白质的基因,外源肽很容易与丝状噬菌体M13的结构蛋白融合。这种插入导致蛋白质或肽在噬菌体表面展示,前提是插入物不干扰蛋白质。如果肽充分暴露在噬菌体表面,它将可以作为配体、酶、免疫原或以其他方式积极参与生物化学过程。靶向肽可以附着在不同载体系统的表面,如纳米颗粒、脂质体或噬菌体病毒体。在这种情况下,小肽相比抗体有更多优势:免疫原性较低,生产更容易,成本更低,可获得的表面密度更高(每个表面单位的肽数量更多,因此这种偶联物的亲切度更高),对颗粒大小增加的贡献较小,因此更好的组织穿透性。

  

噬菌体展示12肽库的构建:

 

肽和抗体片段的展示是通过偶联到丝状噬菌体M13的次要外壳蛋白pIII来呈递所需分子。pIII蛋白位于噬菌体衣壳的一端,由三个功能自主结构域(D1、D2和D3)组成,通过富含甘氨酸的连接体连接。在革兰氏阴性菌感染期间,N末端的D1结构域负责将病毒DNA易位到宿主细胞质中。D2结构域与细菌F-Pilus结合,并在感染过程中发挥核心作用。C末端D3结构域是组装稳定衣壳所必需的,也是噬菌体产生的先决条件。在大多数噬菌体展示载体中,pIII蛋白缺失D1和D2结构域,导致感染性降低的噬菌体颗粒。

通过化学合成随机合成12聚肽寡核苷酸片段,插入噬菌体载体壳蛋白编码基因,通过基因工程重组技术转化大肠杆菌。将一个随机的12聚肽与M13噬菌体次要外壳蛋白(pIII)融合,形成一个组合文库。增殖生成的噬菌体表面携带外源肽,每个噬菌体表面表达一种外源肽。所有这些噬菌体构成了一个预制的随机肽库。噬菌体包含噬菌体和细菌复制起源,噬菌体包装信号,可选择的标记基因和所选择的外壳蛋白基因融合它的使用使载体易于制备和维护,高产量的dsDNA和更好的转化率。为了组装功能性噬菌体颗粒,与辅助者共同感染需要噬菌体(例如,M13K07)。噬菌体编码的基因型和显示的表型之间的物理联系是因为辅助噬菌体有一个复制的起点和一个包装蛋白功能降低的信号。因此,噬菌体载体被有利地整合到新的病毒颗粒中,而不是辅助噬菌体基因组。为了多价显示的目的,需要替代的辅助噬菌体,如超噬菌体。

利用客户提供的目标分子,从整个预制的噬菌体随机12肽文库中经过筛选、扩增和选择步骤,获得能与目标分子高亲和力结合的噬菌体克隆。通过测定该噬菌体的DNA序列,就可以知道该噬菌体所携带肽的氨基酸序列。

  

噬菌体展示12肽库的筛选:

 

噬菌体肽库筛选总的指导思想是利用有些生物大分子之间存在着不同大小的亲和力,以生物大分子为靶目标,通过直接或多轮筛选可以从肽库中筛选得到相应的且具有特定亲和力的结合肽。噬菌体肽库筛选方法一般采用生物学筛选技术,又称为生物淘洗(biopanning),即利用生物操作方法从噬菌体随机肽库中筛选出所需的噬菌体肽。筛选方法可以因筛选靶目标的性质、筛选的规模而不同,并且与操作人员的习惯有关。

经典的筛选方法主要分为固相筛选法和液相筛选法。固相筛选是将抗原包被于固相有机介质(例如酶标板、有机膜或免疫管)上,通过将抗原与肽库共同孵育,特异性噬菌体肽可以与抗原结合。其优点是在单位面积载体上可吸附更多目标蛋白。但固相筛选法的缺点是在固定过程中靶分子(尤其是构象不稳定的靶分子)容易发生构象改变。液相筛选法正是针对这一问题而发展起来的,通常是将生物素标记目标分子,在溶液中与肽库混合并发生相互作用,然后将混合物加至固相化的亲和素中,通过生物素与亲和素的结合,达到富集高亲和力噬菌体肽的目的。

  

噬菌体肽库建库筛库流程:

 

项目内容

服务内容

周期

12肽基因库的合成

trimer codon技术进行12个氨基酸的饱和密码子突变合成12肽库。

3-5周

12肽文库构建服

噬粒构建与转化:目的基因同源重组拼接pMECS载体,转化宿主菌TGI,构建M13噬菌体展示12肽文库。

4-6周

12肽文库筛选服务

3轮筛选(如有特殊情况,则由w66最给力的老牌生物决定是否增加筛选轮次,无需额外费用):

挑取50-80个蓝斑克隆进行序列测定。

4-5周

  

常用于肽库筛选的靶分子:

 

分子类型

简介

膜受体胞外结构域

在文库筛选的体外环境中使用分离的全膜受体作为靶标是有难度的,因为膜受体具有极强的疏水性,仅在脂质双层环境中保持其天然折叠。膜受体通常具有大的多结构域胞外区域,这些区域可能与不同的肽序列相互作用。受体的分离的配体结合结构域是集中选择模拟内源性配体的肽的极好的替代靶点。靶向较短的受体片段也可以提高对高度保守的受体家族的特定成员的特异性。另一方面,与特定受体结构域相对应的合成肽可能采用与天然蛋白质不同的构象,因此所选肽可能无法在其自然环境中识别受体。因此有必要首先针对合成肽筛选噬菌体文库,然后对所得富集文库进行亲和选择,以结合天然蛋白。

针对内源性结合伴侣的中和抗体

针对内源性配体的中和抗体可以作为鉴定生物活性肽的替代靶标。抗体的抗原结合区模仿受体的配体结合位点,从而为回收与受体交叉反应的肽提供了“模具”。中和抗体不一定能识别位于配体上的确切受体结合表位,但可能通过与这些区域附近的位点结合来立体阻断配体-受体相互作用,从而发挥其拮抗作用。

全细胞筛选

噬菌体文库也可以针对表达感兴趣的膜受体的活细胞进行筛选。这消除了对靶蛋白错误折叠的担忧,并允许针对其天然构象的受体的细胞外区域进行选择。靶向细胞可以是悬浮或者贴壁的。主要目标是寻找与肿瘤特异性受体结合的肽,这些肽可用于药物或诊断试剂的靶向递送。

  

噬菌体展示技术未来前景:

 

通过筛选噬菌体展示的随机肽文库开发的两种药物是聚乙二醇化促红细胞生成素受体激动剂聚乙二醇苷肽(Hematide, Affymax)和Fc融合的血小板生成素受体激动剂romiplostim (Nplate, Amgen)。另外两种药物,抗TNF-α抗体阿达木单抗(adalimumab)和血浆蛋白酶激肽肽(kallikrein)的小蛋白抑制剂ecallantide,已经利用噬菌体展示技术开发出来,使该技术与药物发现领域的其他成熟方法并立。

  

w66最给力的老牌服务优势:

 

--可溶抗原的快速制备能力:结合公司现有的重组蛋白表达体系,能够在短时间内制备出高纯度、高生物学活性的可溶抗原蛋白,用以支持噬菌体抗体的免疫及筛选工作。

--成熟稳定的免疫文库构建技术:目前w66最给力的老牌获得的噬菌体一级免疫文库的库容可达108-109,其序列丰度>99%,保证直接筛选获得的抗体亲和力达到uM甚至nM级别。

--具备多种筛选体系,包括直接筛选法、竞争法、负筛选法、细胞筛选法等。

--多种预制肽库可选,如:7肽库、环7肽库、12肽库等。

--可提供多肽个性化定制服务及筛选服务。

--多种筛选抗原的筛选可供选择,如:蛋白、多肽、细胞系、原代细胞等。

 

如何订购?

 

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